Muzejski program Judovskega kulturnega centra zbira, raziskuje, varuje in predstavlja sledi skoraj dva tisoč let judovske prisotnosti na prostoru današnje Slovenije. S pomočjo dokumentov, fotografij, predmetov, pričevanj in osebnih zgodb obiskovalcem približujemo življenje ljudi, katerih prispevek je bil dolgo odrinjen na rob slovenskega zgodovinskega spomina.
V središču našega dela so zgodovina judovskih skupnosti na Slovenskem, usode posameznikov in družin, holokavst ter judovsko življenje po drugi svetovni vojni in danes. Muzej pripravlja stalne in občasne razstave, vodstva, raziskovalne projekte, izobraževalne programe ter umetniške interpretacije zgodovinskega gradiva.
Ne želimo biti samo muzej izginulega sveta. Želimo biti prostor, v katerem se preteklost srečuje s sedanjostjo in kjer judovska zgodovina postane vidni in neločljivi del skupne zgodovine Slovenije.